吳內閣上任不到一個星期，就爆出院長吳敦義關說疑雲，中選會委員趙叔鍵爆料，民國96年當時的立委吳敦義，曾經打電話給他，要求在南投立委參選人林明溱資格審查中放水，涉及關說，行政院立刻出面否認指控，立委林明溱更是非常氣憤，揚言要告趙叔鍵誹謗。一上任就強調行動內閣執行力，吳敦義災區台北兩頭跑，只是新內閣就位不到一個星期，身為院長的吳敦義，就身陷關說疑雲，