莫拉克颱風引發八八水災，政府全力救援、稱歡迎國際社會協助救災之際，卻傳出外交部婉拒外援，對此，國民黨立委孔文吉今（14）日上午表示，希望外交部長歐鴻鍊可以好好檢討。但孔文吉也強調，不滿國防部救援效率差，要求國防部長陳肇敏下台負責。

孔文吉強調，「我認為這次國防部的動作太慢了，去年辛樂克颱風我陪總統跟院長去廬山溫泉勘災，當時第4天工兵部隊就挺進南投縣信義鄉，現在第7天了，工兵部隊在哪裡？只派一個特戰隊去搜救。國防部長陳肇敏應該是要下台！很多沒有擔當的作為、到現在不知道國軍怎麼動用的，原住民災區很可憐，希望政府不要這麼麻木不仁」。

針對總統馬英九在接受外國媒體專訪時表示，災情嚴重「是因為他們（災民）沒有學會，他們不了解這個災難有多嚴重」，孔文吉則表示，「我覺得總統失言了，總統是失言了，就像原住民都不知道這次雨量會這麼大。」