儘管由兩岸民間航運代表出面主談，在後方坐鎮的交通部和陸委會也保持高度關切。對於雙方達成協議，交通部表示滿意，陸委會也稱許這是兩岸一次成功的良性互動，不過兩個部會也強調轉口貨物不通關、不入港的政策，我方會堅持到底，也因此這不能算是兩岸直航。
五點多，當香港傳來兩岸達成協議的好消息後，交通部立即發表談話，對會談結果表示滿意，交通部也對兩岸定點直航能趕在今年第一季實現，表示高度樂觀。
樂觀之外，依據境外航運中心設置要點的相關規定，交通部強調，該堅持的我方還是會堅持到底。
根據協議內容，日後進出大陸的貨物，都可以在高雄港轉運，不過這次有關運費計算，通航家數還未有定論，因此，雖然高雄港務局批准了十四家航商，最後奪標的恐怕還是只有中共內定的五家。
在陸委會方面，對兩岸民間團體討論航運相關事宜，陸委會副主委高孔廉強調，這不算是兩岸通航或直航，只是雙方就我方提出的 "境外航運中心" 的構想交換意見，嚴格來說，不涉及公權力介入，若雙方能就技術性，事務性的議題，達成共識，陸委會樂觀其成。
新聞來源：華視新聞
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